Im Hans-Knöll-Institut mit den Forscher:innen des FungiNet stehen Pilze im Vordergrund. So wird etwa der Aspergillus fumigatus genauer unter die Lupe genommen, dessen Infektion in einigen Fällen zur Sepsis führen kann. Konkret im Verdacht stehen extrazelluläre Vesikel, welche wenige Nanometer groß sind – doch diese müssen erst einmal sichtbar gemacht werden. In einem anderen Labor steht Candida albicans unter Beobachtung, welcher wieder eigentlich nicht schädlich ist, aber in bestimmten Konstellationen die Darmflora durcheinander bringen kann. Um die Auswirkungen, aber auch Medikamentierung dieser Pilze überprüfen zu können, sind Lebendversuche unvermeidbar, die aber im Mäuselabor unter höchsten ethischen Standards durchgeführt werden. Sollten aus diesen Forschungen neue Substanzen entwickelt werden, dann werden diese im Laboratorium der Wissenstransfergruppe auf ihre Reinheit und Eignung überprüft. Doch um zu diesen Erkenntnissen zu kommen müssen erstmals oft Stunden an Mikroskopaufnahmen ausgewertet werden. Damit das automatisiert geschehen kann, gibt es die Expert:innen der Bioinformatik, die mit unterschiedlichen Datenverarbeitungstechniken Bilder analysieren und quantifizieren.

Im Leibniz-Institut für Photonische Technologien e.V. (Leibniz IPHT) stehen bildgebende Verfahren der Lifescience  im Vordergrund. Dabei werden sowohl zum Beispiel Bakterien auf ihre Gefährlichkeit untersucht, als auch neue Verfahren zur Diagnostik entwickelt. Das zeigt sich in Würfeln zur Mikroskopie, der Entwicklung neuer Lichtfasern oder der Kombination von Infrarotstrahlung mit Lasertechnologie.

Die Jena School for Microbial Communication (JSMC) legt ebenfalls ihr Augenmerk auf das Kleine. Auf dem Gelände selbst befindet sich ein eigenes Gewächshaus sowie ein Pflanzenlabor. Dabei stehen in den einzelnen Forschungsprojekten sowohl das Oberflächenleben der einzelnen Pflanzen, als auch klassische Fragen der Pflanzengenetik im Mittelpunkt.

Das Elektronenmikroskopische Zentrum des Universitätsklinikums Jenas (EMZ) ist die Anlaufstelle, wenn mit herkömmlichen Bildgebungsverfahren nicht das sichtbar gemacht werden kann, was gesehen werden soll. Denn in diesen stehen mit unterschiedlichen Elektronenmikroskopen die Geräte zur Verfügung, um bis auf eine kleinste Ebene vorzudringen, sodass sich völlig neue Landschaften von Mikrowelten ergeben.

Welche Entwicklung hingegen die Mikroskopie genommen hat und wie über die Jahrhunderte hinweg sich die Bildgebungsverfahren von ersten Linsen bis hin zu Hightech-Geräten entwickelt hat, kann in der historischen Sammlung des Deutschen Optischen Museums (D.O.M.) betrachtet werden. Dessen Exponate können zwar unter gegebener Sorgfalt und mit der Vorsicht, die in einem Museum angebracht ist, dennoch verwendet werden.

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